まず大前提として、Samsungと契約せずにiPhoneを販売したらそれは確実にクロ。

で、Samsungが吹っかけたライセンス料が異常に高くて異論があるからもっと安く契約しろと(AppleがSamsungを)訴えることは出来るんだけど、少なくとも裁判で「Samsungは○○ドルで契約しなさい」という仮処分なりなんなりが出るまではライセンスは受けていないんだから販売は出来ない。つまり今の時点でiPhoneを販売していることはどう転んでもクロになる。
もっとおかしいのはAppleの言い分で、「標準化団体から利用に関するライセンスを受けている」なんて標準化団体にそんな権限ないから100%嘘だし、これがパテントプールのことを指しているとしてもSamsungの特許はパテントプールに含まれないのでやっぱりおかしいわけ。

恐らく裁判は、Samsungは「Appleはライセンス契約なしにiPhoneを販売している。販売差し止めとこれまでのライセンス料+懲罰的加算を払え」と主張するだろうし、Appleはそれに対して「Samsungが吹っかけてきたライセンス料が高すぎる。これは『公平で妥当かつ差別のない価格』とは言えない」と主張することになると思われる。
だから裁判の争点そのものは「この価格が妥当か」というところの争いになる。

……のだけど、そもそも論としてAppleの主張する価格が妥当だとしても今現在iPhoneを特許料踏み倒して販売していることを何ら正当化しないのよね。そもそも発売前に訴えるべき話だし、少なくともその価格は0ドルではないはずだから。
原理原則の話をするならば、この裁判でライセンス料が決まるまでiPhoneを販売してはいけません、という仮処分を出さないといけない。

まあSamsungもセコいゴネ方だなとは思うけど、そもそも論として携帯電話作るのに標準特許のライセンスを揃えていないAppleが非常識すぎるのでちょっとねぇ、という感じ。
ホント、AppleがNokiaに訴えられた時は業界震撼だったし。Nokiaとライセンス契約結んでないとか有り得ないでしょ、と。SamsungはNokiaと比べると随分ショボい方だけど、それでも何だかんだで金掛けて研究開発して標準に採用された特許なわけで、Appleは通信規格に何ら貢献しないのなら外様価格払えよというのが通信業界の論理ではある。